据《明史·太祖本纪》对此有明确记载：朱氏先祖祖籍沛县，后迁徙至江苏句容，元代时家族被划定为淘金户，需常年上缴定额黄金，因无力缴纳，被迫举家北逃谋生。先祖北迁后，最终定居元代泗州盱眙，也就是如今的江苏盱眙一带。

朱元璋的高祖朱百六、曾祖朱四九、祖父朱初一三代先祖，均在此生活终老，去世后全部安葬于盱眙杨家墩一带，这里是朱氏家族真正的根脉发源地，现在当地还流传着朱初一得到风水宝地的传说。

传说某一天，朱元璋的爷爷朱初一在杨家墩干活干累了，就在一处低洼地休息了，迷迷糊糊间听见有两位道士师徒路过此地。

师父指着朱初一睡的那块洼地说：“徒儿你看，此滩背湖面淮，龙气藏于洼泽，水脉走势形如灵龟负甲，滩心这洼坑正是龟眼所在，若有人死后葬于此，不出三代必出真龙天子。”

徒弟不信，师父便说：“你将一根枯树枝倒插在这洼坑内，十日即可长出绿叶。”

二人的说话声早已将朱初一惊醒，但他听见自己睡的地方是风水宝地，就假装熟睡不醒。师徒二人喊了几声，见朱初一没有动静，以为他睡熟了，就插了一根枯枝离开了。

转眼十天过去了，朱初一一大早就来到那儿，枯枝竟真的抽出嫩芽，长出了翠绿的新叶。朱初一又惊又喜，为独占宝地，便悄悄拔掉枯枝，另插了一根普通的枯枝。

不一会儿，那对道士师徒也过来了，看见枯枝毫无生机，徒弟顿时就叫了起来：“师父，您不是说枯枝会长出叶子来吗，怎么该是枯枝？”师父看向一旁的朱初一，一眼识破端倪，直言他暗中动了手脚，朱初一只得坦然承认。

师父感慨道：“老头，你本有大福气。”随即叹息：“可惜私自调换枯枝，已泄此地龙气，后世虽有贵人出世，却无法福泽绵长，世代传承。”

朱初一临终前，反复叮嘱儿子朱五四："我死后，务必将我葬于杨家墩那处洼坑，此地是能让子孙兴旺的风水宝地，切记切记，不可有误。"朱五四遵父遗命，将朱初一葬于此处。

朱元璋的祖父过世后，其父朱五四为躲避苛政、谋求生计，带着家人再次北迁，辗转灵璧、虹县等地，最终定居濠州钟离，即今安徽凤阳。元天历元年（1328年），朱元璋在凤阳钟离东乡诞生，并在此度过了少年与青年时光。

江苏盱眙明祖陵，是明朝的先祖陵寝，专门祭祀朱元璋高祖、曾祖、祖父三代。按照古代宗法，“祖”为家族根源，帝王立国必尊始祖、远祖，以溯源敬宗、昭示正统。朱氏前三代先祖皆葬于盱眙，这里是家族最早的祖坟所在地，因此朱元璋称帝后，将此处定为祖陵。

安徽凤阳明皇陵，则是专门安葬、祭祀朱元璋父亲朱世珍（朱五四）、母亲陈氏的陵寝。朱元璋父母在凤阳病逝、就地安葬，此地是他的故里与发迹之地，故而单独修建皇陵，供奉父母，寄托孝思。

明祖陵自明洪武十九年建成后，存续近三百年，虽多次遭遇水患，却始终安然无恙。直至清代康熙十九年（1680年），黄河大规模夺淮入海，洪泽湖水位暴涨，古泗州城与明祖陵一同被淹没于水下，从此沉睡湖底三百年，成为中国现存唯一一座水下皇陵。

1963年，洪泽湖遭遇特大干旱，沉睡湖底三百年的明祖陵开始逐渐露出湖面，在相关部门的勘探清理下，彻底重见天日。如今，明祖陵已成为国家4A级景区，吸引着无数游客前来探怀访古。